2029年、二度の大戦を経て、電脳化・義体化技術の発展した世界。新たな可能性の一方で、ゴーストハックや犯罪の多様化といった問題にも悩まされていた。 そんな中、他人の電脳をハックし人形のように使う「人形使い」が入国し公安9課は調査に乗り出す。

非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。

謎の異常気象が相次ぐイギリス。政府の極秘諜報機関「ミニストリー・シークレット・サービス」は気象学者のエマ・ピールに調査を依頼する。しかし研究所は何者かの手によって破壊され、極秘研究中だった気象シールドも壊されていた。監視カメラに映されていた人物はエマにそっくり。 そこでミニストリーのトップ、マザーの命令により、機関の諜報員ジョン・スティードはエマと共同で犯人を探し出すことに。機関のナンバー2、ファーザーは彼女が犯人ではないかと疑っていた。 2人はかつてミニストリーの職員だった天才科学者のオーガスト・デ・ウィンター卿に目をつける。彼はファーザーと手を組んで世界の気象を操り、世界征服を企んでいたのだ。ウィンターは全世界を氷河期に陥れると脅迫する。スティードとエマは彼の気象制御基地へ乗り組んだ。