新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

退屈な授業と、常勝を義務付けられた部活。“その日”は、彼らにとっていつもと同じ学校生活だった。 弓道のみならず、運動全般に驚異的なポテンシャルを持つものの、自分に自信が持てない弓道部の蒼は、部活や大会で勝つことにも身が入らずにいた。幼なじみで弓道部エースの遥と剣道部主将の孝太は、そんな蒼のことを心配している。 いつもと変わらない日々。雷が校庭に落ちたことで、彼らの日常が一変する……。時は戦乱の世。かの有名な「桶狭間の戦い」の直前――。蒼たちのいた校舎が丸ごと、戦国時代にタイムスリップしてしまったのだった……。 織田軍に連れ去られてしまった仲間を救い出すため、当たり前だった普通の毎日=未来を取り戻すため、前代未聞の高校生アスリートVS戦国武将による戦いが始まる!!

現代の40年前の世界。ハテノの森を訪れた少年・ユキナリは、森の中でハンターに追われていたポケモンに出会う。そのポケモンは「セレビィ」といい、時を超える力を持つと言われるポケモンだった。セレビィをハンターから守ろうとしたユキナリは、セレビィの力でセレビィと共に40年後の未来へタイムスリップしてしまう。 現代。旅の途中でハテノの森を訪れたサトシ一行は、セレビィが時を越える際に起こる「森の声」という現象に遭遇。程なくサトシ達は祠の前に倒れているユキナリを発見。ハテノ村の長老トワ達に介抱されたユキナリはセレビィがいないことに気付き、サトシ達と共にセレビィを探しに向かう。傷だらけのセレビィを見つけたサトシ達はトワの下へ戻ろうとするが、そこへセレビィを追っていたロケット団幹部・ビシャスが現れ、セレビィを捕えようと襲い掛かって来た。ユキナリとの連携でビシャスのポケモンを撃退し、何とか逃げおおせたサトシ達は、生き物の傷を癒す不思議な力を持つ湖にたどり着き、そこで一夜を明かす事にする。