Sophie is een overlevende van de concentratiekampen van de Nazi's. Ze heeft haar zin in het leven terug weten te krijgen met dank aan Nathan, een sprankelende maar labiele Amerikaanse Jood die geobsedeerd is door de Holocaust.

'The Zookeeper's Wife' vertelt het waargebeurde verhaal van de Poolse dierenverzorgers Antonina en Jan Zabinski van de dierentuin van Warschau. In 1939, wanneer de nazi's het land zijn binnengevallen, worden Antonina en Jan gedwongen te werken onder bevel van de Duitse zoöloog Lutz Heck.

Generaal Heydrich heeft van de Führer de opdracht gekregen om een geheime conferentie te organiseren, der Wannsee Konferenz. Voor deze bijeenkomst heeft hij op 20 januari 1942 vijftien nazi-kopstukken samengeroepen in een villa aan de Wannsee, net buiten Berlijn. Er moeten namelijk enkele belangrijke en dringende zaken besproken worden. Het groeiend aantal joden is een doorn in het oog van de Führer en het is aan generaal Heydrich om op deze bijeenkomst oplossingen te zoeken.

Tsjechoslowakije, 1942. Een uitbreidende fascistische gezindheid maakt zich meester van een kleinsteedse omgeving. Een meubelmaker krijgt de opdracht een Joodse winkel over te nemen. Hij bouwt echter een relatie op met de eigenaresse.

Een Duitse vrouw op een schip op weg naar Europa herkent plotseling het gezicht van een andere vrouw, wat herinneren van lang gelden terugbrengt. Ze bekent aan haar man dat ze in de Tweede Wereldoorlog kampbewaarder was in Auschwitz.

Een joodse pandjesbaas leeft in het verleden, wat voor hem de herinneringen aan het concentratiekamp zijn, en is volledig vervreemd van de realiteit. Als de spanningen in Harlem, waar hij woont en werkt, oplopen, wordt hij echter gedwongen terug te keren naar het heden.

Joods meisje Hannah Stern (Kirsten Dunst) moet elk jaar mee naar haar tante voor een bijeenkomst ter nagedachtenis van de oorlog (WOII). Hannah heeft hier eigenlijk geen zin meer in en vindt dat er wel genoeg over de oorlog is gesproken. Dan gebeurt er een wonder, Hannah komt in een soort tijdlus en belandt in een concentratiekamp tijdens de oorlog rond 1941.

Het verhaal van Dr. Miklos Nyiszli die in dienst was bij Dr. Mengele, bekend als de 'Engel des doods', en van de Joodse gevangenen van het 'Sonderkommando', die verplicht waren te werken in het crematorium van Auschwitz. Hun traumatische ervaringen verplaatsten hun morele besef naar een soort grijze zone.

Wat zou er gebeurd zijn indien Hitler W.O. II had gewonnen. We zijn in 1964, twintig jaar nadat de Duitsers de geallieerden verslagen hebben in Normandië. Hitler en de Verenigde Staten zijn van plan hun diplomatieke relaties te herstellen. Terwijl de hele wereld wacht op dit historische moment onderzoekt SS-detective Xavier March een serie politieke moorden. De Gestapo wil dit onderzoek dwarsbomen, maar March is vastbesloten dit onderzoek door te zetten...

In de nasleep van de Tweede Oorlog kijkt Adam Stein terug op de jaren die in zijn gedachten haast eeuwen lijken. Ironisch genoeg spaarden de Nazi's hem, omdat hij als voormalig circusartiest de overige Joden nog kon vermaken op weg naar de gaskamers. Nu, na de oorlog zit Adam in een centrum voor overlevenden van de Holocaust en probeert zijn gedachten weer op orde te krijgen.

Wanneer nazi-Duitsland zijn land overheerst, kijkt Martin hulpeloos toe hoe de Joodse gemeenschap naar werkkampen wordt gedeporteerd. In tegenstelling tot anderen, ontsnapt hij op miraculeuze wijze aan de dood. Hij sluit zich dan aan bij de verzetsstrijders om een genadeloze strijd tegen de nazi's te voeren.

Het opmerkelijke waargebeurde overlevingsverhaal van een Joodse jongen die zich verstopt en wordt opgejaagd in de bossen van het door de nazi's bezette Oost-Europa, gebaseerd op de memoires van Maxwell Smart.