無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。

大都市アドベンチャー・シティに魔法の隕石が落ちる。その隕石はパウ・パトロールたちに新しいマイティパワーを与え、最強の子犬“マイティ・パウ・パトロール”に変身する。しかし、宿敵ライバール市長が恐ろしく切れ者のマッドサイエンティスト、ヴィクトリアと手を組み、このマイティパワーを奪おうと画策する。このピンチを、リーダーのケントとマイティ・パウ・パトロールたちは、マイティパワーでパウっと解決できるのか？

USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。

少女ジューンは森の奥で自分が思い描いていた夢の遊園地「ワンダーランド」を発見する。 自らが創り出した闇の力によって遊園地は崩壊の危機に直面するが、再建を目指して動物たちとともに修理を開始する。