Quan a la tripulació de la nau Enterprise li ordenen que torni a casa, a la Terra s'enfronten a una terrorífica força que, aparentment des de dins, ha perpetrat un atac a la cúpula de la Federació i tot el que aquesta representa. Per intentar solucionar el problema, i amb un assumpte personal que resoldre, el capità Kirk encapçala una incursió a un planeta en guerra on la lleialtat es veurà posada a prova, les amistats es trencaran, i caldrà fer certs sacrificis per l'única família que li queda a Kirk: la seva tripulació .

Júpiter Jones és una noia humil que es guanya la vida netejant cases. Un dia descobreix que és l’hereva d’una poderosa família noble intergalàctica i ha de lluitar per salvar els habitants de la Terra d’una indústria antiga i destructiva. Per això comptarà amb l’ajuda de Caine Wise, un exmilitar genèticament modificat.