愛と平和のために桐生戦兎 / 仮面ライダービルドがエボルトと激闘を繰り広げている中、伊能賢剛率いるブラッド族が暗躍を始める。東都、西都、北都の都知事になったブラッド族はエボルトに代わって地球滅亡を企み、邪魔なビルドを倒すためにビルド殲滅計画を始動し、日本の全国民を洗脳して暴徒化させてビルドを襲わせる。それにより、戦兎の仲間である石動美空と滝川紗羽も敵と化したうえ、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグも捕まったばかりでなく、戦兎の相棒である万丈龍我 / 仮面ライダークローズもブラッド族の手先になってしまう。 龍我が戦兎を倒してハザードトリガーを手に入れると、伊能は仮面ライダーブラッドに変身し、パンドラボックスをも手に入れようと画策する。 史上最悪の危機に、ビルド最後の実験が始まる。

地下鉄トンネル崩落事故から3カ月後。10年をともに過ごしてきた藍沢たちフライトドクター、フライトナースの仲間たちにも旅立ちという名の別れの時が迫っていた。そんな中、突然の出動要請が入る。成田空港への航空機緊急着陸事故と、東京湾アクアライン海ほたるへのフェリー衝突事故という、空と海を舞台にした大事故が連続発生したのだ。ただちにドクターヘリで出動した藍沢たちは、史上最悪の現場に直面する。

冒険家の両親とペルーのジャングルで探検の日々を送る少女ドーラ。彼女が１６歳になった時、両親はインカ文明の伝説の都市パラパタの調査の旅に出ることに。ドーラはロサンゼルスで暮らす従兄弟ディエゴ一家の元に身を寄せ、高校生活を開始。ところがある日、ドーラは犯罪者集団に誘拐され、そのままペルーまで連行される。何とか謎の男性アレハンドロに助けられたドーラだったが、両親が危機に陥っていることを知る。

水難救助隊「ベイウォッチ」を率いるミッチ・ブキャナンは、元オリンピックメダリストの生意気な新人マットに手を焼いていた。ある日、小型船が炎上しているとの情報が入り救出に向かった一同は、船内で不審な遺体を発見する。乗船者が覚醒剤を所持していたことから、犯罪組織の関わりを疑うミッチらは、クラブオーナーのヴィクトリアのパーティーへの潜入捜査に向かう。ビーチの平和を取り戻すため、ライフガードたちの壮絶バトルが始まる。

高校生活を過ごす常磐ソウゴ / 仮面ライダージオウを明光院ゲイツ / 仮面ライダーゲイツとツクヨミが追いかけていた。その途中、アナザーデンライナーが墜落、その中からアナザー電王が出現した。しかし、ソウゴはジオウとしての記憶を無くしていたが、偶然取り戻しゲイツと共にアナザー電王に立ち向かう。 同じ頃、1人の少年シンゴを襲うアナザーWに桐生戦兎 / 仮面ライダービルドと万丈龍我 / 仮面ライダークローズが応戦。その途中、前の世界の記憶を失ったはずの猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグが加勢する。戦いの後、幻徳は突然戦兎たちのことを、ツクヨミはソウゴたちのことを忘れてしまう。 一方、ソウゴは仮面ライダーが大好きな少年、久永アタルと出会う。だが、アタルは謎のイマジン、フータロスと契約していた。 アナザー電王、アナザーWを裏で操っているスーパータイムジャッカーのティードが「仮面ライダークウガから始まった平成ライダーの歴史が今、終わりを告げる」と宣言し暗躍を始め、シンゴを狙っていた。そして、シンゴを保護した戦兎は、ティードに洗脳されてしまう。

訪れた者たちの夢をかなえる島、ファンタジー・アイランド。その言葉通りにゲストたちの願いは現実になってゆくが、夢に描いた光景はやがて恐ろしい悪夢と化す。

ミドルトン高校初登校の日、ティーンヒーローのキム・ポッシブルと助手のロン・ストッパブルは、ホームルームに遅刻して早速先生から目を付けられてしまう。放課後にサッカー部のトライアウトを受けたキムは、意地悪な部長ボニーのせいで用具係として使われることに。高校生活は世界を救うほど簡単にはいかないようだ。その頃、刑務所にいる邪悪なドラッケンが、シーゴーの助けで脱獄。キムヘの復讐計画を実行に移そうとしていた。