På tærsklen til et ødelæggende Cylon-angreb melder officeren Kendra Shaw sig til tjeneste på slagstjernen Pegasus. Da menneskehedens fremtid for altid ændres på den skæbnesvangre dag, bliver Kendra omformet til en "skraber" - et krigsredskab - under hensynsløs vejledning af sin kommandant, admiral Cain. Battlestar Galactica: Razor fortæller den ufortalte historie om Pegasus og giver skræmmende ledetråde til menneskehedens skæbne, mens de sidste kapitler af Battlestar Galactica-historien udfolder sig.

Den Første Cylon Krig har raset i 10 år, da den unge Ensign William Adama slutter sig til flåden. Han er skuffet over ikke at skulle flyve et jagerfly men derimod et transportfly. Hans andenpilot er ikke begejstret for at en nybegynder skal flyve hans fly, da han ikke har lang tid tilbage, før han forlader flåden. Ombord på flyet har de en civil videnskabsmand, dr. Becca Kelly, som udsteder nye ordrer og en ny destination, lige så snart de er lettet. Hun er ikke meget for at røbe, hvad hendes hemmelige mission består i, men Adama adlyder gerne, da hun fører dem ind i territorier, der er kontrolleret af Cylon.