Un grup de simis amb grans qualitats per a la supervivència agafa els carrers, liderat per Cèsar, un simi dotat d'una intel·ligència i uns instints superiors per a qualsevol primat. Davant la necessitat de llibertat, aquesta raça animal decideix no doblegar-se davant dels humans. Haurà de lluitar contra un grup d'humans que han sobreviscut a una forta epidèmia, desencadenada a la dècada anterior. Les dues parts han establert una treva, però es veurà interrompuda.

L'Alice continua la seva lluita contra la Corporació. El nociu virus T de la Corporació Umbrella continua fent estralls per tot el planeta, transformant la població en legions de carnívors morts vivents. L'última i única esperança de la raça humana, l'Alice es desperta en el cor d'una de les instal·lacions més clandestines de la Corporació i descobreix més coses del seu misteriós passat, a mesura que aprofundeix en el complex. Sense un refugi segur l'Alice continua la seva cerca dels responsables de l'esclat del virus. Una caça que la portarà des de Tòquio a Nova York, de Washington D.C. a Moscou, culminant el seu viatge en una revelació que l'obligarà a reconsiderar tot el que fins ara pensava que era cert. Ajudada per aliats i antics amics, l'Alice s'haurà de barallar per sobreviure i per escapar d'un món hostil a la vora de la desaparició. El compte enrere ha començat.