Plaats van handeling is een dorpje dat afhankelijk is van de houtindustrie. Toen in 1971 de economische recessie inzette, trokken velen uit het gebied weg. In hetzelfde jaar werd het plan opgevat een treintunnel aan te leggen om de toegankelijkheid van het gebied te bevorderen.
Het verhaal speelt zich af in 2015, in een tijd waarin magie nog steeds een grote plaats inneemt in het hart van de samenleving. Om de mensheid te beschermen observeert de Caldea-organisatie zorgvuldig magische en wetenschappelijke bewegingen, evenals de toekomst van de wereld. Maar op een dag lijkt de toekomst na het jaar 2017 plotseling te verdwijnen. Om de oorzaken te achterhalen besluit de organisatie onderzoekers, de “Grand Order”, op een symbolische missie naar het verleden te sturen.
Diep in een afgelegen gebied van de Johto regio is een plaats met kristalhelder water, verboden bergen en een geheim. Mewtwo en andere gekloonde en superkrachtige Pokémon hebben eindelijk een huis gevonden waar ze kunnen leven en gedijen, ver weg van de nieuwsgierige ogen en harde oordelen van de mensen. In Pokémon: The First Movie, verwijderde Mewtwo alle sporen van zijn strijd met Mew, van zijn bestaan en van die van de andere klonen. Ieders geheugen werd gewist, behalve die van Giovanni's, de kwade kracht achter Mewtwo's ontstaan. De sluwe leider van Team Rocket heeft echter het idyllische toevluchtshaven van Mewtwo ontdekt en wil nog steeds Mewtwo aan zijn wil onderwerpen. Het lot wil echter dat Ash, Pikachu en hun vrienden ook het oord hebben ontdekt.
Het is Kerstmis en wederom plaatst Dale Landis een kerstboom op zijn dak en belandt in de rechtszaal. Niemand in het kleine stadje weet waarom hij dit blijft doen, maar de idealistische advocate Sarah Wright is vastbesloten Landis zijn kerstwens te geven en hem uit de gevangenis te houden.