生まれたばかりのオーロラ姫は悪い魔女マレフィセントによって、16歳の誕生日までに死ぬと呪いをかけられてしまう。3人の妖精、フォーナ、フローラ、メリーウェザーは彼女を森に隠し、そこで姫を育てる。16歳の誕生日、妖精たちは姫を城に連れて帰るが、そこをマレフィセントに見つかり、姫は永遠の眠りへ。妖精たちは魔の城に捕まった姫の婚約者フィリップ王子を救出。王子はマレフィセントを倒し、姫も生き返る。

ニューヨークで暮らす失業中のラリーは前妻がが再婚すると知り動揺する。愛する息子ニッキーとのきずなを保つために、ラリーは自然史博物館の深夜勤務の夜警員の仕事を引き受け、真夜中に警備を始める。ある夜、展示物が魔法を使ったように生き返り、ローマのグラディエーターやカウボーイたちがジオラマから飛び出して戦いを始める。

前作『リトル・マーメイド』で結ばれたトリトンの末姫である元人魚―アリエルと海辺の王国の王子―エリックの間に、陸と海を繋ぐ子供―メロディが誕生した。メロディの誕生に沸き立つ中、アースラの妹―モルガナが現れ、自身が姉の代わりに海の支配者になると宣言して消えてしまう。それから12年、その身を案じられて海の世界に関する全てを秘されて育ったメロディは、母のアリエルが陸の世界に憧れた様に、海の世界に憧れていた。

モーと彼の娘メギーは、“インクハート”という１冊の本を探し求め旅を続けていた。やがて、その本を見つけると、“ほこり指”と名乗る奇妙な男が父娘の前に現われ、その本の世界に戻してくれ、と迫ってくる。実はモーは、本を朗読するとその本の登場人物を現実世界に呼び出す“魔法舌”という能力の持ち主だった。ただそれと引き換えに現実世界のものを本の世界へ閉じこめる力も持ち合わせており、かつて幼少のメギーにインクハートを読んでいた際、邪悪な王カプリコーンやほこり指を呼び出してしまい、その代わりにモーの妻がインクハートの世界へ送られてしまったのだった。陰謀を企むカプリコーンの脅威を逃れようと大叔母エリノアの屋敷へ避難するも、一味に捕らえられるモーたち。そんな窮地に立たされる中、モーは妻を救い出そうとカプリコーンに立ち向かっていくのだが…。

危うく処分されかけた小さな子ブタは、エラブル家の娘ファーンに引き取られ、ウィルバーと名付けられる。やがて、ウィルバーは向かいの農場に預けられ、他の動物たちと一緒に暮らし始める。だがそんなある日、ウィルバーは、春に生まれたブタはクリスマスのハムになる、という話を聞いてしまう。怯えるウィルバーの前に、賢く心優しいクモのシャーロットが現われ、「あなたを守ってあげる」と約束する。