In Fujisawa zit Sakuta Azusagawa in zijn tweede jaar van de middelbare school. Zalige dagen met zijn vriendin en upperclassman, Mai Sakurajima, worden onderbroken door de verschijning van zijn eerste verliefdheid, Shoko Makinohara.
Nate, Whisper, Jibanyan, Hailey, USApyon en al hun Yo-kai-vrienden beginnen aan vijf unieke avonturen die uiteindelijk allemaal met elkaar verbonden zijn.
Na de voltooiing van Operatie Exodus moeten de strijdkrachten op aarde lang genoeg overleven voor de versterkingen van Mars. Gedurende deze tijd worden Sandy Newman en haar team geconfronteerd met een uitdaging in hun militaire training in de vorm van een quasi-religieuze groep genaamd Geo Chris, die probeert de aarde weer groen te maken. Ze wisten niet dat de plannen die Mars heeft opgesteld de machines en de strijdkrachten die ertegen vechten zullen doden.
Soul Reapers van de 10e Divisie - onder leiding van kapitein Tōshirō Hitsugaya en vice-kapitein Rangiku Matsumoto - worden gestuurd om het " Koningszegel " te begeleiden. Het zeldzame artefact wordt tijdens het transport gestolen door de afgeweken Soul Reaper Sōjirō Kusaka en twee meisjes bekend als Ying en Yang.
Het 'Umbrella-incident', dat plaatsvond in Raccoon City, werd door de overheid beëindigd met een krachtige raketaanval met de intentie het zombie-virus volledig uit te roeien. Nu, zeven jaar later, wordt er op een vliegveld ergens in de Verenigde Staten echter opnieuw een zombie uitgezet. Het vliegveld begint zich langzaam maar zeker te vullen met de ondoden, en het macabere incident van zeven jaar eerder lijkt zichzelf te herhalen. Claire Redfield is toevallig aanwezig op dit vliegveld.
De studente Hitomi Kanzaki zit in een diepe depressie en wil niets liever dan van deze planeet te verdwijnen. Op de één of andere manier wordt haar wens gehoord, en plots bevindt Hitomi zich in Gaea, een paralelle dimensie van de aarde, waar momenteel een bittere machtsstrijd aan de gang is. Hitomi blijkt in de Gaea over speciale krachten te beschikken en kan eigenhandig over diens lot beslissen.
Er is een arrestatiebevel uitgevaardigd, maar deze keer is dat niet tegen Lupin. De autoriteiten zitten achter inspecteur Zenigata aan, omdat ze vermoeden dat Pops al die tijd onder één hoedje heeft gespeeld met de meesterdief. In een poging om Zenigata's onschuld te garanderen, wordt Lupin uitgedaagd om het merkwaardige Tijdkristal te stelen. Terwijl Lupin en zijn bende achter de beroemde diamant aan gaan, wordt hij geconfronteerd met het onverwachte verraad van zijn meest vertrouwde partner.
In de verre technologische toekomst heeft de beschaving zijn ultieme op het internet gebaseerde vorm bereikt. Een "infectie" in het verleden zorgde ervoor dat de geautomatiseerde systemen ontregeld werden, wat resulteerde in een gelaagde stadsstructuur die zich oneindig in alle richtingen repliceert.
Op de Rainbow Bridge in Odaiba, Tokio vindt een aanval plaats door de gevechtshelikopter 'Gray Ghost'. 2 dagen eerder was de Gray Ghost gestolen. De daders zijn volgelingen van Yukihito Tsuge. Yukihito Tsuge plande 13 jaar eerder een staatsgreep in Tokio. De leider van Special Vehicle Section 2, Keiji Gotoda, gaat op pad om de terroristen te stoppen.