Het feodale, 16e-eeuwse Japan wordt geteisterd door oorlogen en rondtrekkende bendes. Een van die bendes heeft het gemunt op de oogst van een klein boerendorp, maar de bendeleden besluiten pas terug te komen als er geoogst is.
In het 17e-eeuwse Japan is er een periode van vrede aangebroken. Veel clans raken daardoor ontbonden; samurai raken werkloos. Enkelen van hen dreigen met harakiri, ofwel rituele zelfmoord, in de hoop op een aalmoes.
In Kurosawa's Rashômon worden vier deels tegenstrijdige versies van de gewelddadige dood van een samoerai verteld door getuigen, onder wie de geest van het slachtoffer.
Een groep idealistische jonge mannen, wiens baas is ontvoerd omdat deze vastberaden is om de corruptie uit te bannen uit hun stad, ontmoet een knorrige en cynische samoerai die totaal niet voldoet aan het beeld dat zij hebben van een samoerai.
Japan, eind 16de eeuw. Het land beleeft een periode van hevige oorlogen tussen de verschillende feodaliteiten. De machtige Shingen Takeda geldt hierbij als een onoverwinnelijk landheer. Maar dan gebeurt het ondenkbare: Shingen wordt gedood door een kogel.
Kanichiro Yoshimura is een samurai en een echte familieman die zijn vrouw en kinderen niet meer kan voeden vanwege de lage lonen die door zijn kleine dorpsclan worden betaald. Noodgedwongen vertrekt hij, zijn familieleden achterlatend, om in de grote stad meer te verdienen bij een grotere clan.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Japan in de 19e eeuw. Zatoichi is een blinde zwerver die leeft van het gokken en het geven van massages. Maar deze onopvallende man is eveneens een meester in het zwaardvechten. Zatoichi is bliksemsnel en uiterst doelgericht.
Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.
Hanzo is een wetsdienaar met een hele merkwaardige methodiek: seksuele overreding. Wanneer hij weigert een ambtseed af te leggen waarin politieke corruptie gedoogd wordt, krijgt hij zijn superieuren op zijn dak. Samen met twee voormalige criminelen en zijn onuitputbare libido vecht hij zich terug.
Om zijn krijgers voor te bereiden op mogelijke aanvallen van buitenlandse indringers, organiseert de hanshu een marathon. De marathon volgt ongeveer 58 kilometer een bergpad. Reservisten doen mee aan de marathon en krijgen een prijs aangeboden. Ondertussen wordt de marathon door de centrale regering van Edo ten onrechte als een daad van verraad beschouwd. De moordenaars worden naar Hanshu Palace gestuurd. Jinnai Karasawa (Takeru Satoh) verschijnt als een normale samoerai, maar hij is eigenlijk een spion voor de centrale overheid. Hij realiseert zich dat er moordenaars naar het Hanshu-paleis worden gestuurd. Om de moordenaars tegen te houden en het misverstand uit de wereld te helpen, gaat Jinnai Karasawa wanhopig op de vlucht.
In het laatste deel komt Shingo in confrontatie met de oom van zijn vriend Yagyu Katsunoshin in een duel dat het lot van Japan zou kunnen veranderen.