In 1725, raakt samoerai Isaburo getergd, als zijn zoon dient te trouwen met de minnares van zijn leider. Isaburo wil dit niet toestaan, maar zijn zoon accepteert het en hij en de vrouw, Ichi, worden verliefd.
Ogami Itto vecht met vrouwelijke ninja's die voor de Yagyu clan werken. Hij krijgt ook te maken met een verrader die van plan is de geheimen van zijn clan prijs te geven aan het Shogunaat en die beschermd wordt door de "Gods of Death".
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Takezo verlaat samen met zijn beste vriend Matahachi hun geboortedorp om zich bij het leger aan te sluiten, dat net op het punt staat een belangrijke veldslag te gaan leveren. Het leger verliest de strijd echter, waardoor het tweetal moet vluchten.
De samurai Genta, krijgt het bevel om zijn beste vriend te doden. Na het uitvoeren van het bevel stopt hij met het samurai zijn en ontmoet een jonge landbouwer. De landbouwer vraagt om zijn hulp en kan zijn zwaardvecht ervaringen goed gebruiken om samen met andere landbouwers te vechten tegen een groep ronin.
Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.
In de Edo-periode accepteert een naamloze ronin een opdracht om naar een bergpas te gaan en te wachten. In de buurt van de pas stopt hij bij een herberg waar een verzameling personages zich verzamelt, waaronder een bende die erop uit is shogunaat goud te stelen dat binnenkort over de pas zal komen. Wanneer de opdracht van de Ronin duidelijk wordt, krijgt hij de opdracht om de bewoners van de herberg te vermoorden, inclusief een vrouw die hij heeft gered van een gewelddadige echtgenoot. Hij is terughoudend om onschuldige mensen te vermoorden; Dan komt hij erachter dat de goudzending een valstrik is en dat hij deel uitmaakt van een dubbel spel.
Manji's jongere zus wordt voor zijn ogen vermoord. Met zijn gehavende lichaam neemt hij wraak. Een mysterieuze vrouw verschijnt voor zijn ogen en geeft hem eeuwige jeugd en onsterfelijkheid. Als Rin Asano's ouders worden gedood door de zwaardvechters van Itto Ryu en hun studio wordt verwoest vraagt ze aan Manji om haar lijfwacht te zijn.
In het laatste deel komt Shingo in confrontatie met de oom van zijn vriend Yagyu Katsunoshin in een duel dat het lot van Japan zou kunnen veranderen.