亡き父のあとを継ぎドンとなったマイケルの苦悩と復讐を、父ビトーの少年時代からやがて一大ファミリーを築くまでのエピソードを交えて描いた、名作「ゴッドファーザー」の第2作。幼いビトーが青年となり、やがてファミリーを築くまでの物語と、父のあとを継ぎドンとなったマイケルの、父がそうであった頃と全く変わってしまった時代の中でのドンとしての苦悩と復讐の物語を、巧みに交差しながら展開していく。

コルレオーネ・ファミリーを描いた壮大なドラマの最終章。ファミリーのドンとなったマイケルは、バチカンの加護を得て一切の犯罪から手を引くことを宣言した。だが後継者に甥のビンセントを立てたことから内部抗争に火がついてしまう。自身も病に蝕まれるマイケルは何とか事態の収拾を図ろうとするのだが……。

アメリカ人ハリーはある時、旧友からある助けを求められた。それは、日本滞在中にヤクザ組織の東野組に誘拐された旧友の娘の救出。東野組とビジネスを交わしていた旧友がトラブルを引き起こしたことがその原因であった。また、旧友はハリーがかつて進駐軍兵士として日本にいた頃、彼にある恩義ができたヤクザ幹部・田中健に協力させれば奪還できると判断した。こうして仕方なく日本へ向かったハリー。だが、再会した健は既にヤクザの世界から足を洗っていた。