宇宙艦隊士官である父親を幼いころに亡くしたカークは、自由な心を持つ行動的な青年に成長するが、父の遺志を継ごうと宇宙艦隊アカデミーに入学。やがてバルカン星からの緊急救助要請を受け、宇宙艦隊のUSSエンタープライズが出発することになり、カークや親友マッコイらアカデミーの若者たちも乗り込むことに。バルカン星を襲ったのは好戦的なロミュラン人だった。カークはサブリーダーのスポックと対立するようになるが……。

バイオリンを演奏する路上生活者のナサニエル（ジェイミー・フォックス）に出会ったロサンゼルス・タイムズの記者ロペス（ロバート・ダウニー・Jr）。かつてジュリアード音楽院に在籍し、チェロを演奏していたというナサニエルに興味を抱いたロペスは、ナサニエルの人生について調べ始め、連載コラムの題材にしようとする。