女性キャスターのカレンは連続殺人事件エディの独占取材のため、ポルノショップに潜入する。暗闇の中、カレンの前に現れたエディは何物かに変身しようとした。何物かに変わる寸前に駆け付けた警官にエディは射殺されるが、カレンは大きなトラウマを抱えてしまう。医者のすすめで夫と田舎の保養所“コロニー”に向かうカレン。しかし、その“コロニー”は・・・。

事故から8年後、T-ウィルス汚染は食い止められず全世界へ蔓延してしまう。ウィルスに汚染された地球は文明社会が崩壊した。アンブレラ社は各地の巨大な地下施設に潜み、ウェスカーを筆頭に各支部と連携を取りながら現状の打開を模索する。アリスの血液から大量に複製した彼女のクローンを使い、アンデッドへの対抗手段や血清についての人体実験を繰り返していた。そんな中、わずかに生き残った人々は安住の地を求め、各地を旅していた。アリスは立ち寄ったガソリンスタンドでアラスカに安全な場所があると記されたノートを発見し希望を抱く。

何世紀にもわたる環境破壊の末、地球の温暖化が進み、北極・南極の氷はおろか、シベリアの広大な凍土までが全て溶け、地球に大洪水が起こった。海面は上昇し、地表を覆い、やかて陸地は消えて世界はついに海の底に沈んでしまう。それから数世紀。かつて地球と呼ばれたこの惑星にはわずかな人間だけが残されていた。文明と共に漂流を余儀なくされた彼らは海中から引き上げられた既に消滅した世界の残骸から、巨大な人工の浮遊都市を築いていた。

現代、アメリカ。古美術収集家のボーモント（ロバート・イングランド）が輸入した古代ペルシャのアフラマズダ神像が港に荷下ろし中、酒に酔ったクレーン担当者のミスで落下。作業員のひとりは像の中から深紅の宝石を見つけ、こっそり盗んだ。宝石鑑定士のアレックス（タミー・ローレン）は巡り合わせでその石を鑑定することになり、息を吹きかけた。その瞬間、魔術師によって宝石の中に封じ込められていた邪悪の化身ジンが復活。この世ではナサニエル・デメレスト（アンドリュー・ディヴォフ）と名乗り、人々の願いごとをかなえることで相手の魂をとりあげて力を蓄えるジンは、現世を支配するため自分を復活させたアレックスに3つの願いごとをさせようともくろむ。まんまとジンの罠にはまり、二つ目の願いごとまでさせられたアレックスだが、追い詰められた彼女は一計を案じ、時間を像が破壊される以前に戻すようにと三つ目の願いごとをして、ジンを再び宝石の中に封じ込めた。

５０年続いた大戦に勝利した大亜細亜聯邦共和國。ところが、その繁栄の裏側では様々な病気が人類を脅かしていた。そんな中、重い病に苦しむ妻・ミドリの為に、人間のあらゆる部位を自在に造り出す“新造細胞”理論を提唱していた東博士は、軍部の援助により本格的に研究を開始するが、実験場から新生命体“新造人間”が誕生。大多数は軍によって始末されるも、生き延びたブライキング・ボスら数名の新造人間たちは、生きる為に容易に戦いの道を選んでしまう人類の世界を破壊しようと、攻撃を仕掛けて来た。再びの戦火。それを収めるべく立ち上がったのは、先の大戦で戦死し、新造細胞によって蘇生した東博士の息子・鉄也だった。

天才科学者のリチャーズは、元恋人のスー、スーの弟でパイロットのジョニー、そして親友のベンとともに、宇宙に出て実験を行うことになった。だが事故により宇宙線を浴びて4人とも超能力を得てしまう。彼らはこの力を世のために役立てようと考え、スーパーヒーローチーム「ファンタスティック・フォー」を結成する。

家族と共にエルム街に越してきた高校生のジェシーは、それを機にスクールバスの運転手が鉤爪の男に変身する悪夢を見るように。そんなおり、彼は家のなかで前の住人ナンシーの日記を見つける。そこには悪夢のなかに現れる殺人鬼フレディのことが記されていた。

ミツバチがアメリカからいなくなり、突然人々が自殺を始めた。髪留めで自らの首を刺す女性、工事現場で次々と飛び降りる作業員たち。果たしてこの行動の原因は何なのか?テロか、放射能汚染か、環境汚染か。