ドワーフの王国を取り戻すべく旅をしていたホビット族のビルボ・バギンズやドワーフのトーリンらは、竜のスマウグからついに王国を奪い返す。しかし、スマウグは人々を襲い、その一方でトーリンが財宝を独り占めしようとし、ビルボがそれを止めようと危険な選択をしてしまう。そんな中、宿敵サウロンが奇襲を仕掛け、ドワーフとエルフと人間の間では対立が深まる。

潜入捜査中に亡くなった刑事ニック。だが、生前の刑事としての活躍や経歴を見込まれて、成仏できずに現世に紛れ込んでいる悪霊たちを逮捕しては霊界に送還する組織R.I.P.D.のエージェントにスカウトされる。1800年代からエージェントを務めている大ベテランのロイとコンビを組み、次々と悪霊を捕まえていくニック。その後、二人は霊界へと通じているトンネルから悪霊たちを現世に逆流させるという陰謀が進められていることを逮捕者から聞き出す。