1944年、第二次大戦下のフランスで外科医として黙々と働く男。戦火の拡大にともない愛する妻と娘を娘の田舎へと疎開させるが、パルチザン狩りのドイツ軍小隊に娘は射殺、妻は焼き殺されてしまう。溢れそうになる血の涙と嗚咽をかみ殺しながら、怒りに震える男は単身で反撃、ドイツ軍を一人づつ処刑していく…。

4世紀、ローマ帝国末期のエジプト、アレクサンドリア。宗教をめぐる市民の対立から街が荒廃する中、類まれなる美貌と明晰な頭脳を持った女性天文学者ヒュパティア（レイチェル・ワイズ）は、分け隔てなく弟子たちを受け入れ、講義を行なっていた。彼女は訴える。「世の中で何が起きようと、私たちは兄弟です。」生徒でもあり、後にアレクサンドリアの長官となるオレステス（オスカー・アイザック）、そして奴隷ダオス（マックス・ミンゲラ）は密かに彼女に想いを寄せていた。やがて、科学を否定するキリスト教徒たちと、それを拒絶する学者たちの間で、激しい対立が勃発。戦いの最中、キリスト教指導者は知る。この都市の有力者たちに多大な影響を与えているのは、ヒュパティアだということに。そして攻撃の矛先は、彼女に向けられたのだった―。

スペインが最後の植民地、フィリピンを手放す中、現地の駐留部隊は反乱軍との戦いを余儀なくされる。過酷で、時として異様な戦いは長引き、兵達は疲弊してゆく。