ゴジラシリーズ第18作。「平成シリーズ」第3作。 1992年7月、東京上空に巨大な未確認飛行物体が飛来し、２３世紀から来た未来人が姿を現す。彼らは、タイムトラベルでゴジラ誕生の時代まで歴史を遡り、その誕生を阻止する『ゴジラ抹殺計画』を呼びかける。計画は成功するが、ゴジラの消滅と同時にキングギドラが日本に来襲。すべては未来人の策略によるものだった。さらにはゴジラがより強力な怪獣へと変貌し復活を果たし、最大の危機が日本を襲うのであった！

第二次大戦中、連合将校が軍費50万ドルと共に日本軍に拉致されてしまう。この緊急事態を解決できるのは、ドン中尉（ジミー・ウォング）しかいない。そこに結成されたのが最強救出部隊“ドラゴン特攻隊"である。一方、賞金稼ぎのシャオ・リー（ジャッキー・チェン）は、ドンの部隊と行く先々で因縁のように行動を共にするようになる。はたして無事に50万ドルの軍費と将校は奪還できるのか!?