ホグワーツ魔法魔術学校の4年生になったハリー・ポッター。今年ホグワーツで伝説の“三大魔法学校対抗試合”が行われることになり、他校の生徒たちが大挙してやってきた。

“生命の泉”を目指して繰り広げられる、ジャック・スパロウの新たな冒険！ 史上最恐の海賊・黒ひげが、永遠の生命をもたらすと言われる“生命の泉”を狙って動きだした時、ジャック・スパロウの前に、かつて愛した女海賊アンジェリカが現れ、呪われた航海へと誘う。時同じくして、ジャックの相棒ギブスの前に現れたのは、英国王に“生命の泉”を探す忠誠を誓い、海軍将校となった元海賊のバルボッサ。果たして、泉への鍵を握る“人魚の涙”を手に入れ、“生命の泉”へたどり着けるのは誰なのか―。

第2次世界大戦下のロンドン。児童養護施設に暮らす少年ピーターは、しばしば子どもたちが姿を消すことを不審に思っていた。ある日、彼は空飛ぶ海賊船が子どもをさらっていた事実を知るが、自身も連れ去られてしまう。たどり着いたのは不思議な世界ネバーランド。そして海賊の長、黒ひげはその世界を支配しようとたくらむ悪党だった。やがて、謎の青年フックとともに脱走したピーターは、先住民の集落へと逃れる。