המלאך הרביעי, שצולק בעקבות הפגיעה השנייה, תוקף את טוקיו-3, וגורלה של האנושות מונח בידי הסוכנות הממשלתית המיוחדת נרוו. שינג'י איקארי הצעיר נאלץ להטיס את אווה-01. הוא והטייסת של אווה-00, ריי איאנמי, נשלחים למשימה, אך המלאך השישי מצליח לפגוע באווה-01. מיסטו קסוראגי מתכנן להזין את כל החשמל בים לתותח הפוזיטרונים של אווה-01 כדי להביס את המלאך.
טאיקו יוצאת לחופשה בכפר ומעלה זכרונות מגיל 10, זיכרון שמשתלב בין הגיגי החיים שלה וסיפור אהבתה לכפרי צעיר. דרמת אנימציה עדינה ומרגשת על החיים ומעבר. ביים איסאו טאקאהאטה, מי שאחראי על סדרת הילדים הבלתי נשכחת על מרקו ולב הזהב שלו. את הסרט הפיק הייאו מייזאקי (המסע המופלא, הנסיכה מונונוקה) עבור "אולפני גיבלי" המעולים.
צוותים של אנשים שהלכו לעולמם לא מזמן, הושבו לתחייה וצוידו בכלי נשק מתקדמים, חייבים לשתף פעולה כדי להביס צבא של מפלצות בטוקיו ובאוסקה.
קהילת ראקונים שלווה בעלת יכולות על-טבעיות, מתעמתת עם רגלו הדורסנית של האדם שמחפש לנשל אותה משטחי המחיה שלה באמצעות בנייה מאסיבית. אלגוריה עצובה על מצבו של כדור הארץ מאת הבמאי של "הלב", איסאו טאקאהטה. את הסרט הפיק הייאו מייזאקי (המסע המופלא, הנסיכה מונונוקי) עבור "אולפני גיבלי" המעולים.
ניסוי דנ"א כושל בצמחים מוליד צמח אינטליגנטי ותוקפן שמשמיד את הירח והורס את האנושות על-פני כדור הארץ. 300 שנה לאחר מכן, בני האנוש המועטים שנותרו בעולם נאבקים על-מנת לשרוד, תוך שמירה על שביתת נשק שברירית עם היער חסר המנוח השולט על מקורות המים. באחד ממעשי הקונדס שלו, אגיטו נתקל ביחידת הקפאה חבויה במעמקי היער, ומעיר נערה חמודה מן העבר. טולה, שישנה 300 שנה, פוסעת לתוך עולם מוזר ושונה מהעולם שהכירה. בכפר השכן, לאגונה, עדיין נלחמים בעוז ביער, וכשאנשי הכפר מגלים את דבר קיומה של טולה, הם מבינים כי היא המפתח להפעלת נשק יום הדין להצלת האנושות – נשק שישמיד את היער לחלוטין ויגאל את בני האדם משלטונו העריץ. כשלוחמי לאגונה חוטפים את טולה אגיטו ניצב מול האתגר הגדול בחייו – כיצד יציל את טולה ואת כפרו מציפורני מכונת המלחמה המשומנת של לאגונה?
גוֹן וקילוּאָה לוקחים פסק זמן מהרפתקאותיהם עם קָייט על מנת לבקר בטורניר הקרבות. הם שם כדי לעודד את זוּשי הלוקח חלק בקרבות. עוד נוכחים: ווינג, ביסקוויט, לאוריוֹ ו...קוּרפּיקָה. ברגע שמתחילה התחרות, מחליטים גון וקילואה לצאת להגיד שלום לאייזק נטרו, יושב ראש אגודת ההאנטרים. דקות לתוך התחרות, קורה אסון: עשרות חובשי מסכות חמושים פולשים אל הבניין, אוטמים את כל היציאות וכולאים את יצחק בעזרת כֹח רב עוצמה. גון, קילואה, לאוריו וקורפיקה הם היחידים בעלי יכולת תנועה במתחם. כעת מוכרחים הארבעה להציל מאות של נפשות בטרם יהיה מאוחר מדי.
ב-1866, לונדון וריי סטים ההמציא מקבל חבילה אפופת מסתורין מסבו - כדור זעיר המיועד להיות מנוע קיטור מזערי עוצמתי ביותר, שכוחו גובר על הדומים לו. וזה מתרחש, מתנתו של ריי הופכת להיות מיוחסת כפלא טכנולוגי, או סכנה ואיום לעולם. קבוצת סוכנים מרושעים "יסוד אוהרה", יודעת הכל אודות הכדור המזערי, ונחושים בדעתם להשיגו. אדי, אביו של ריי, נלקח תחת שלטונו של אוהרה וברגע שגילה כי בנו מחביא את הכדור באחד מביתני התערוכה, הוא מנסה להסיח את דעת הסוכנים מהכדור ולהרחיקם מהמטרה. אך ריי מגלה שהוא אינו היחיד בעל מנוע הכדור המזערי, אלא התערוכה כולה מופעלת ע"י רבים כמוהו, וקבוצת סוכני "אוהרה" משתמשים באולם המבצר הקרבי למהר ולנצל את זמנם.