原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

ケイン号の新艦長クイーグは、その異常な行動から徐々に信望を失っていく。やがて台風に遭遇し、艦長が正気を失ったため、副官マリクが指揮を取り危機を脱するが、それが反逆罪とされてしまう。

南大西洋を航海中の米軍の駆逐艦ヘインズは自艦に接近してきた独軍の潜水艦を捕捉し、やがて両者の間で一騎打ちが火蓋を切る。駆逐艦の艦長マレルはかつて妻を戦争で失い、対する独軍潜水艦の艦長フォン・ストルベルグも、愛児たちを祖国のために失った男。2人ともに戦争に対して実は批判的である立場ながら、見えない相手を好敵手と見なし、全力で戦いに臨む。やがて両者の間には互いに対する奇妙な尊敬の念が芽生えていく。