キューバにあるグアンタナモ米海軍基地で海兵隊員ウィリアム・T・サンティアゴ一等兵が殺害された。被疑者は同じ部隊のハロルド・W・ドーソン上等兵 とローデン・ダウニー一等兵 。彼らの弁護人に任命されたダニエル・キャフィ中尉 はハーバード出身だが法廷経験がない。2人が軍隊内の落ちこぼれに対する通称コードR（CODE RED規律を乱す者への暴力的制裁）の遂行を命じられていたことを知る。

カリフォルニア州ミラマー海軍航空基地。そこにF－14トムキャットを操る世界最高のパイロットたちを養成する訓練学校、通称“トップガン”がある。若きパイロットのマーヴェリックもパートナーのグースとともにこのトップガン入りを果たし、自信と野望を膨らませる。日々繰り返される厳しい訓練も、マーヴェリックはグースとの絶妙なコンビネーションで次々と課題をクリアしていく。しかしライバルのアイスマンは、彼の型破りな操縦を無謀と指摘する。その一方で、マーヴェリックは新任の女性教官チャーリーに心奪われていく。

レイプされた姿をブルーフィルムに撮られたひとりの女。エロ雑誌の編集をしていた男・村木はそのフィルムに映っていた女に魅せられる。その女・名美を探し出し、夜の街で出会ったふたり。男を信じることを出来ない名美の心に村木は語りかけるのだったが…。

舞台はハワイ沖。アメリカをはじめとする世界各国の艦艇が集結して大規模な軍事演習が行われるなか、沖合に正体不明の巨大な物体が出現する。それは、地球からの友好的な呼びかけに応じて飛来したエイリアンの母船だった。しかし、呼びかけを行った科学者たちの意図とは裏腹に、エイリアンは次々と未知の武器を繰り出し、激しい攻撃を仕掛けてくる。その戦いの最前線に立たされたのは、演習に参加していた米海軍の新人将校アレックス・ホッパーと、彼がライバル心を燃やす自衛艦の指揮官ナガタだった。弱点も戦略も読めないエイリアンに対し、知力と体力の限りを尽くして精鋭たちは立ち向かう！