まだ氷河が残る太古の北米。ある集落に暮らす3人兄弟の末弟キナイは、村から魚を盗んだ熊を追って、逆に熊に襲われる。長兄シトゥカの助けでキナイは救われるが、代わりにシトゥカは命を落としてしまう。怒ったキナイは熊から命を奪うが、直後、精霊の力で彼は熊の姿に変えられてしまう。キナイは森をあてもなく歩き回り、母とはぐれた子熊コーダと出会う。一方、次男デナヒは熊となったキナイを殺された兄弟の仇だと誤解する。

前作でクマとして生きる道を選んだ人間の青年キナイ。生命あふれる大自然の森の中で、弟分の子グマのコーダと一緒に暮らしているキナイのもとに、ある日、人間の村からニータという美しい女性が訪ねてきます。ニータとキナイは、子供の頃いつも一緒に遊んだ大の仲良しでした。そんなニータが、キナイに会うため森の奥深くまでやって来たのには、特別の理由がありました。幼い頃にニータにかけられた魔法を解くために、キナイの協力が必要だというのです。大自然を司るグレイト･スピリットの雄大なる力に導かれながら、2匹＋1人はスリルとユーモアいっぱいの旅へと出発します！

ジャングルの奥深くで動物たちに育てられた少年が、傍若無人な天敵と自分と同じ種である人間に立ち向かう。恐れを乗り越え運命をつかんだその姿は、まさに真の勇者。

クマのブーグは、パークレンジャーのベスに育てられている甘えん坊のペット。彼はある日、ハンターのショーに捕らえられたお調子者のシカ、エリオットに出会う。そして、エリオットに必死に頼み込まれたブーグは、彼を助けてあげることに。しかし、しつこく付きまとってくるエリオットと行動を共にするうち、あちこちで問題を引き起こしてしまったブーグは、エリオットと一緒に森に放り出されてしまうハメに。慣れない自然界を抜け出して町へ戻ろうとするブーグとエリオットだが、執拗に追ってきたショーから逃げるのに四苦八苦の毎日。やがて“オープン・シーズン（狩猟解禁日）”が到来、ブーグは他の動物たちと共に、またしても銃を手に姿を現わしたショーに立ち向かうことになる。

クマのバルーとヒョウのバギーラに見送られ、人間の村にやって来た少年モーグリは、美しい少女シャンティや新しい家族に囲まれ、幸せだけれど少し窮屈な毎日を送っていた。そんなある日、モーグリ恋しさにクマのバルーが村に顔を出す。森でののんきな暮らしが懐かしくなったモーグリは、バルーと一緒にジャングルへと向かうが、モーグリを追ってシャンティと弟ランジャンがジャングルに迷い込んでしまう。そこには、あの人間を襲う恐ろしいトラ、シア･カーンが待ち受けていた。

元ペットの熊・ブーグと野生育ちの鹿・エリオットは大の仲良し。エリオットの結婚式が近づく中、森で暮らしていたダックスフンドのウィニーが飼い主に連れ戻されてしまう。エリオットとブーグはウィニーを探す旅に出る。

動物と話ができるお医者さんとして有名になった、ドクター・ドリトルは大忙し。そこへ野生のビーバーからSOSが入った。たくさんの動物の住み処である森が破壊されそうだという。森の伐採をやめさせるには、絶滅寸前品種の熊の繁殖地であることを証明しなければならない。そこで、ただ一頭残った野生のメス熊のお婿さん候補を探すのだが、見つかったのは、魚とりも満足にできないサーカス育ちの曲芸熊アーチ―だった。森と動物たちを救うため、何とか2頭の熊をカップルにしようと、ドリトル先生は大奮闘！そして、動物vs人間の対決が迫る！