ザ・ブライドは結婚式を襲撃した4人の殺し屋の内、オーレン石井とヴァニータ・グリーンに復讐を果たした。残った2人、ビルの弟で現在は酒場の用心棒として働いているバドと、ビルの現在の愛人であるエル・ドライヴァー、そして結婚式襲撃の首謀者と思われるビルに復讐するため、ザ・ブライドはまず手始めにバドが住んでいるテキサスの地へ向かう。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

アヒル飼いのトンは、 金持ちのお坊ちゃんに八百長を頼まれた試合で優勝してしまい、 村にいられなくなってしまう。街へ向かう途中、 スリにあったトンが投げつけたスイカがサッカー王キンの車に命中し大目玉を食らう。懲りないトンは、 プロサッカーチームの入団試験を受けに行くが、 なんと試験管は、 あのキンだったのだ…。