仮面ライダーハート：チェイスがゴルドドライブとの戦いで散ってから3年後。剛は久しぶりに日本に帰国してりんなと究の研究室を訪れ、彼女たちが作り上げたロイミュードのプロトボディにチェイスの魂を宿らせ、彼を復活させるための実験を行った。しかし、復活したのはなぜかハートで、その体にブレンとメディックの魂まで一緒に入っていた。ハートは、自分たちが復活したことには何か意味があると考え、その謎を追求するために、自分のお目付け役としてやってきた現八郎とコンビを組み、刑事として活動を開始した。 同じ頃、かつてロイミュードのコピー元となった人間が相次いで襲撃され、意識を失う怪事件が発生していた。 仮面ライダーマッハ：剛が帰国したもう一つの目的は、犯罪者・西堀光也の娘、西堀令子が釈放されるのを祝うことだった。彼女もまたロイミュードに利用されて犯罪を犯してしまい逮捕されたが、同じような境遇の剛との面会、文通を重ねて次第に親密な仲になっていき、釈放の日を迎えたのだった。剛は令子を派手なサーカスのパフォーマンスで出迎えるが、突然のことに面食らった令子は、以前に剛からプレゼントされた手袋を落としてその場を走り去ってしまう。その頃、女性の髪の毛で男性が絞殺されるという連続猟奇殺人事件が発生していた。

ごく普通の平凡な女性ルーシーは、訪れた台北のホテルでマフィアの闇取引に巻き込まれ、下腹部にCPH4という新種の麻薬が入った袋を埋め込まれてしまう。この麻薬は通常10%までしか活用できない人間の脳の潜在能力を極限まで高めることができる恐ろしいものだった。運び屋として体内の麻薬と共に移動するよう命じられたルーシーだったが、麻薬を狙うマフィアに捕まってしまう。ルーシーは激しい拷問を受けるが、その拍子に体内の袋が破れ、彼女の脳は麻薬の力で覚醒し、超人的な力を発揮してその場から脱出する。

前作で描かれた人類とKAIJUの死闘から数年が経過し、平穏が戻っていた地球。しかし進化を遂げたKAIJUが再び姿を現した事で、つかの間の平和は脆くも崩れ去る―。さらに、謎の黒いイェーガ―"オブシディアン・フューリー"の出現により、人類を守るはずのイェーガ―同士による激しい戦いも発生。果たして、スタイリッシュに洗礼されパワーアップした新世代のイェーガーに乗り込む若きパイロット達は、迫りくる危機を乗り越える事は出来るのか。

天候を意のままにできる宇宙ステーションが開発された近未来、地球は未曾有の自然災害に襲われることがなくなる。ところが運用開始から2年後、宇宙ステーションがウイルス感染して暴走し各地で異常気象を引き起こしてしまう。巨大災害が同時多発的に起きる地球壊滅災害“ジオストーム”の発生を防ぐため、宇宙ステーションの開発者ジェイクと彼の弟マックスが立ち上がる。