幼馴染みである北条響と南野奏は、妖精のハミィと一緒にオープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たが、途中でハミィとはぐれてしまう。その後二人はハミィを見つけることができたが、来海えりか主催のファッションショーに乱入してしまう。 そんな最中、おもちゃの国やデザート王国といった別世界の建物や住人が出現する。さらにかつてプリキュア達を苦しめた強敵達が、ブラックホールの闇の力で蘇って、世界を繋ぐ奇跡の花「プリズムフラワー」を枯れさせて世界を暗黒化させようと企んでいた。 敵の策によって異世界に飛ばされたプリキュア達は、いつものパートナーや仲間から引き離されてしまい、強敵達が作り出した世界にそれぞれ招かれてしまう。

大災害「セカンドインパクト」後の世界を舞台に、人型兵器「エヴァンゲリオン」のパイロットとなった少年少女たちと、第3新東京市に襲来する謎の敵「使徒」との戦いを描いたテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』（1995年 - 1996年）を、新たな設定とストーリーで「リビルド」（再構築）したものが『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズである。本作は2007年公開の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』、2009年公開の『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』に続く第3作目にあたる。タイトルの「Q」は、当初は雅楽の用語「序破急」に由来する「急」とされていた。 シリーズ第1作『序』は、TVシリーズ第壱話から第六話までのストーリーをほぼ踏襲していたが、第2作『破』からは、TVシリーズ第八話から第拾九話を元にしつつも、新たな登場人物、エヴァンゲリオン、使徒などが加わり『新劇場版』独自のストーリーへとシフトしていった。そして本作『Q』では、前作から14年後の世界におけるNERVと反NERV組織「ヴィレ」の戦いなど、TVシリーズや旧劇場版とは全く異なるストーリーが展開される。

1928年、イギリス北東部にある邸宅ダウントン。グランサム伯爵ロバート(ヒュー・ボネヴィル)らは、他界した三女の夫トム(アレン・リーチ)とモード・バッグショー(イメルダ・スタウントン)の娘との結婚を祝福していた。一方、長女メアリー(ミシェル・ドッカリー)は傷みが目立つ屋敷の修繕費に苦慮していたところ、屋敷で映画撮影をしたいとのオファーを受ける。さらにロバートは、母バイオレット(マギー・スミス)が南フランスの別荘を相続したことに驚き、そのいきさつに疑問を抱いた彼は家族と共に別荘へ向かう。

ダンスコンテストに出場するために横浜みなとみらい21に向かったラブ達は、途中で道に迷ってしまう。そこへ街を飲み込む邪悪な者「フュージョン」が現れる。力を欲したフュージョンは妖精達を襲い、さらには各プリキュア達を襲う。結集したプリキュア達は力を合わせ、世界を脅かす強大な敵に立ち向かう。

1971年放送開始の特撮テレビドラマ「仮面ライダー」を、「シン・エヴァンゲリオン劇場版」「シン・ゴジラ」の庵野秀明が監督・脚本を手がけて新たに映画化。

ある日、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が地球を奪うために宇宙から襲来。その突然の攻撃により父・ホクトが行方不明になり、ハヤトの平穏な日々は一転する。そこに現れたのは、時空を超えてやってきた“9歳のホクト”。少年のホクトは、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」の運転士になることを決心する。さらに二人の想いを後押しする、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部の＜チームシンカリオン＞が集結！宇宙最強の敵を倒し、ハヤトは父・ホクトと再会することができるのか!?

C.E.75、戦いはまだ続いていた。独立運動、ブルーコスモスによる侵攻……事態を沈静化するべく、ラクスを初代総裁とする世界平和監視機構・コンパスが創設され、キラたちはその一員として各地の戦闘に介入する。そんな折、新興国ファウンデーションから、ブルーコスモス本拠地への合同作戦を提案される。

情報生命体スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機“サマー・オブ・ラブ”。それから世界を救ったのは、後に英雄とされるアドロック・サーストンだったが、そこで何が起きたのか、真相を知る者はごく一握りに限られていた。10年後。残されたアドロックの息子レントンは14歳になり、チャールズとレイのビームス夫妻の養子として暮らしていた。そんなある日、鬱屈した日々を過ごしていた彼に運命の転機が訪れる。

ネットワークの発達した近未来…… 裏電脳世界で邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。 ある日、非物質化現象という「現実世界が消滅する」奇々怪々な事件が世界各地で発生。 これを食い止めるために父・光祐一朗に命じられ、 大手IT企業トリニティ・ブレイン社にあるヒカリタダシプログラムを破壊するためサイバーワールド最深部へと向かう熱斗とロックマン。 しかし破壊には失敗し非物質化現象は加速。熱斗の目の前で友人や多くの人々がその非物質化現象の犠牲となってしまう。 衝撃を受ける熱斗にさらなる事件が追い討ちをかけるように かつて熱斗とロックマンが倒したはずの悪の科学者・Dr.リーガルが突如現れ、祐一朗を何処かへと連れ去ってしまう。 愕然となる熱斗の前にネットセイバー仲間である炎山とライカの二人が協力を申し出、 南海の孤島にある20年前に閉鎖されたアメロッパの軍事基地でネビュラグレイとの最終決戦を繰り広げる。

ガイアメモリがどうして生まれたのか。 Wの戦いがどうして始まったのか。 ときめからの問いに答えるため、翔太郎は静かに語り始める。 彼が憧れ、“おやっさん”と慕った師匠・鳴海荘吉との出会いと別れについて… 風の街・風都でガイアメモリの力を使う怪人・ドーパントが暗躍し始めた頃。 若き翔太郎は荘吉の探偵助手となり、半熟と呼ばれながらもその背中を追っていた。 探偵稼業の傍らでスカルとして秘密裏に活動する荘吉に、何も知らない翔太郎は焦燥感を募らせる。 そんな中、鳴海探偵事務所に一本の電話が… それは翔太郎たちを運命の夜へと誘う、地獄からの依頼だった!! 謎の依頼人からもたらされた“切り札”を届けるべく、荘吉の行方を追った翔太郎が見たものとは？ 翔太郎＆フィリップ。 二人で一人の探偵で、仮面ライダーWの始まりの夜。 その物語の全貌が、いよいよ明かされる——