西暦2154年。人類は惑星ポリフェマスの最大衛星パンドラに鉱物採掘基地を開いている。この星は熱帯雨林のような未開のジャングル覆われていて獰猛な動物と”ナヴィ”という先住種族が暮らしており、森の奥には地球のエネルギー問題解決の鍵となる希少鉱物の鉱床がある。この星の大気は人間に適さないので屋外活動にはマスクを着用する必要があり、ナヴィと意思疎通し交渉するために人間とナヴィの遺伝子を組み合わせて人間が作りあげた”アバター”が用いられた。

高価な機械の体を手に入れた富裕層が、生身の体のままの貧しい人々を迫害している未来の地球。貧しい少年・星野鉄郎はスラム街で、機械の体を無料でくれるというアンドロメダ星に行くことを夢見て暮らしている。ある日、鉄郎は、アンドロメダ行き超特急列車“銀河鉄道”のパスをくれるという美女“メーテル”に出会う。彼女に母の面影を見た鉄郎はメーテルに同行することを決める。

海堂祐司は、新種の病原菌に侵されていると宣言された。しかも、現代の医療技術では駆逐は不可能。唯一の対処法である未来の医療技術の発展に、祐司は一抹の望みを賭け、彼は時間を旅する者『スリーパー』となり、全てを託して眠りについた。そして、時は過ぎ、西暦2031年…。戦士マリーンによって長き眠りから目覚めた祐司が見た物は、生きるよりも辛い地獄のような未来だった！ 地球は、謎の生命体『BLUE』の繁殖により壊滅の危機に瀕していたのである。人類が生き残るには、謎の生命体『BLUE』を倒すしかない！ 何も分からないまま、地球人類の存亡を賭けた壮絶な戦いの真っ直中に放り込まれた祐司の新たな『生きる』ための戦いが今、始まる！