アメリカの脳外科医フレデリックは、かのフランケンシュタイン博士の孫。彼は家督を継ぐため祖父の城に行くが、その城の地下に実験室と実験ノートを発見、誘惑にかられて怪物を甦らせてしまう。しかもアブノーマルな脳みそを入れてしまった為に、村中が大騒動に……!

フランケンシュタイン男爵家の嫡男である若き科学者ヘンリーは、生命創造の研究に没頭していた。ヘンリーは助手のフリッツと共に墓地から盗み出した死体を接合し、彼に恩師であるウォルドマン教授の研究室から人間の脳を盗んでくるように指示する。同じ頃、行方不明になったヘンリーの身を案じる婚約者のエリザベスは、共通の友人ヴィクターと共にウォルドマンの元を尋ね、ヘンリーが生命の創造を行っていることを聞き出す。三人はヘンリーが籠る山奥の塔に向かい、彼の実験に立ち会うことになる。嵐の雷光を利用して高圧電流を浴びせられた死体は生命を得て目覚め、ヘンリーは狂喜する

チャイナタウンの骨董屋で発明家ペルツァーが手に入れた不思議な動物モグワイ。彼はそれを息子ビリーへクリスマス・プレゼントとして贈るが、モグワイには、水に濡らさないこと、太陽光線に当てないこと、真夜中すぎにエサを与えないことの三つの誓いが必要だった。だが、この誓いが破られた時、可愛いモグワイは恐るべき凶悪な怪物グレムリンへと増殖していく。かくして平和な田舎町キングストン・フォールズは悪夢のクリスマスを迎えることになるのだ。

前作の主人公ビリーと恋人ケイトは二人そろってニューヨークで新生活を送っていた。大富豪クランプの所有するクランプ・センターがその働き口だったが、ビリーはそこで、チャイナタウン再開発のために発見されたモグワイと再会する。しかしまたしても偶然と失敗が折り重なってモグワイの体からグレムリンが発生、しかも今度はセンターの研究所で開発中のバイオ・テクノロジーと融合、新種のグレムリンが大量発生してしまうのだ。

伝説の怪物に目の前で息子をさらわれた農夫は、復讐を心に誓う。その翌日、高校のバスケットボール・チームとチアリーダーを乗せたバスが、パンクによって田舎町で立ち往生。そこへ怪物が現れ、一人また一人と殺されていく。

臓器愛好家の若き天才科学者・フランケンシュタイン男爵。彼は優れた人間のパーツを集めて完璧な人造人間を作り、彼らを性交させて新人類を生み出すことを夢見ている。血塗られた研究と実験の結果、男爵はついに、人造人間を誕生させることに成功する…。