魔法の薬でトビウオとヒトデとクラゲにされてしまった、トビー&ステラ兄妹といとこのジェリー。彼らは人間に戻るため、3人で力を合わせて悪のサカナ帝国に立ち向かう。
夢を自在に操れる“ドリームマスター”の能力を活かし、フレディを倒したアリス。戦いを共にしたダンと結婚して妊娠するが、胎内にいる子供の夢にフレディが棲みついてしまう。再び戦いを決意するアリスだが、その前に死んだはずのフレディの母親が現れる。
米政府の依頼で対細菌兵器研究を行っていたDNカンパニーでバイオハザードが発生！実験に使用していたマウスが突然変異を起こし巨大化、所員を殺戮し逃走した。事故を公にできない米国政府は極秘裏に処理を行うため、ジョンが率いる日系人部隊と自衛隊員麻生を研究所に向かわせる。 一方、DNカンパニー周辺ではナゾの病原菌に冒された人間が続出、もはや隠しきれない状況に追い込まれた日本政府は自衛隊を派遣、街全体に戒厳令を発令する。閉じ込められた街、そこに辿り着いたジョン、麻生そして元研究員洋子達は研究所の闇で待ち受けるモンスターに戦いを挑んでゆく……