1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。

とある田舎町の森に火の玉が墜落する。目撃したホームレスの老人が好奇心から現場に向かうが、そこで粘液状の物体に腕を取りつかれてしまう。 そこへデート中のメグとポールが通りあわせ、老人を病院へ運ぶが、老人は物体に喰い尽くされ、ポールも犠牲となる。目撃したメグは一部始終を訴えるが信じて貰えず、保安官は町の不良少年ブライアンの仕業だと疑う。

ロシアの首都モスクワに巨大な未確認飛行物体が飛来する。ビルをなぎ倒し、多数の死傷者を出して墜落した物体は、なんと宇宙人の巨大母船だった。宇宙人との初にして突然の遭遇に市民が戸惑う中、政府は戒厳令を敷き、事態の収拾を図る。一方、軍司令官の娘ユリアは、来訪した宇宙人の技術者ヘイコンと親しくなる。宇宙人排斥の機運が高まる中、ユリアはヘイコンらが故郷に戻るため必要な物体“シルク”の探索に協力することになる。

貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。

謎の円盤型飛行物体が地球に飛来し、事件を巻き起こす。テレビジャックにより人類にコンタクトを取ってきた「ミドリ人」と名乗る宇宙人は、巨大な脳に大きな目、骸骨のような口元の奇怪な緑色の生物だった。 見栄えばかりを気にするアメリカ大統領デイルは、政権内が穏健派と過激派にわかれる中、異星人を大々的なセレモニーで歓迎することにする。大統領の周囲は、ヒステリーな妻マーシャ、シニカルな大統領の娘タフィにお調子者の広報官ジェリー、楽観的なケスラー教授、ベトナム以来の鬼将軍デッカーという面々だった。

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。