物語の始まりは、テレビスペシャル『ドラゴンボールZ たったひとりの最終決戦〜フリーザに挑んだZ戦士 孫悟空の父〜』で描かれたサイヤ人の故郷である惑星ベジータ崩壊の時まで遡る。 サイヤ人の中から伝説の超サイヤ人が現れ、いずれ自分の脅威となることを危惧したフリーザは、惑星ベジータもろともサイヤ人を皆殺しにしようとしていた。ただ1人そのことに気付いたバーダックは単身フリーザに挑むも返り討ちにされてしまう。ちょうどその頃、惑星ベジータからバーダックの息子・カカロット（後の孫悟空）を乗せた宇宙ポッドが辺境惑星に発射されていた。フリーザの兄であるクウラ一味はその一部始終を映像で見ていたが、地区を任されたフリーザの不注意でポッドを見落とした以上、弟自身が始末をつけるべきとして見逃した。 その20数年後、フリーザがサイヤ人に敗れたことを知ったクウラは、そのサイヤ人を滅ぼすためにクウラ機甲戦隊を引き連れて地球へと向かうのだった。 一方フリーザを撃退し、無事地球に帰還した孫悟空とその仲間たちは、山へキャンプに出かけていた。そこへ突如襲いくるクウラ機甲戦隊と戦う悟空だったが、一瞬の隙を突かれてクウラの光線を受けて息子の孫悟飯と共に滝つぼに沈み、悟空は重傷を負ってしまう。父を救うため、カリン様から仙豆をもらった悟飯は、機甲戦隊の猛攻に遭いながらもピッコロの助力を得て無事仙豆を届ける。しかし仲間のクリリンともども、機甲戦隊のサウザーに倒され、ピッコロでさえもクウラにやられてしまう。 無事全快した悟空は、ついにクウラと激突する。しかし、弟フリーザより1回多く変身できるクウラの最終形態に成す術が無い。その時、悟空の怒りが限界を超え、ついに悟空が超サイヤ人に目覚める。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。