Al cap de 40 anys, la tinent Ripley, única supervivent de la nau "Nostromo", es recollida de la seva càpsula de salvament i deshivernada. Durant tot aquest temps el planeta d'on va sortir l'Alien, el LV-426, és colonitzat però s'ha perdut tota comunicació amb els seus habitants. Per investigar el succeït s'envia un equip de marines espacials, amb Ripley al capdavant de l'expedició. El que els espera allà no és només una criatura, en són milers....

Eleanor Arroway va perdre la fe en Déu després de la mort dels seus pares en la seva infància. No obstant això, Ellie ha desenvolupat una classe diferent de fe en el que desconeix: treballa amb un grup de científics escrutant ones de ràdio procedents de l'espai exterior a la recerca de senyals d'intel·ligències extraterrestres. El seu treball es veurà recompensat quan detecti un senyal desconegut que suposadament porta les instruccions de fabricació d'una màquina per reunir-se amb els creadors del missatge.

La lluna controla les nostres nits, els nostres dies, les estacions i les marees oceàniques. Des del començament de la humanitat, les seves fases s’han mantingut com un símbol d’il·luminació, de coneixement intern i de la nostra pròpia immortalitat. Fins ara. Una força misteriosa colpeja a la Lluna i l’envia en xoc directe contra la Terra.

Una terrible epidèmia transmesa per escarabats fa estralls a Manhattan, diversos milers de nens estan contaminats i condemnats. Una acció química és impossible per la resistència d'aquests insectes, l'únic mitjà és trobar una arma biològica. La sola esperança per Nova York és d'apel·lar a una brillant entomologista i genetista: la doctora Susan Tyler.