Un home del temps és enviat a cobrir una història respecte la marmota que prediu el temps que farà. Al dia següent es dona compte de que res ha canviat. Res...

Una raça alienígena arriba a la Terra buscant una nova llar. Els Boov recol·loquen tots els habitants de les ciutats i es dediquen a reorganitzar el planeta. La Tip, una noia molt decidida que s'ha vist separada de la seva mare amb l'arribada dels Boov, és l'única humana que no ha estat reubicada. La casualitat fa que es trobi amb l'Oh, un Boov desterrat. Els dos fugitius s'embarquen en el que serà el viatge de la seva vida.

Quan un parell d'assassins sense escrúpols aconsegueix fugir de la presó, deixant darrere seu una horrible reguera de crims, al malhumorat detectiu Jack Cates no li queda cap altra opció que treure l'estafador Reggie Hammond de la penitenciaria perquè l'ajudi a trobar els criminals . Tot i això només disposaran de 48 hores abans que Hammond hagi de tornar a la presó.

L'argument gira al voltant d'en Bob Esponja i els seus inseparables amics del mar, com ho són en Patrick Estrella i la Sorreta l'esquirol, i altres personatges de la sèrie en què es basa, com en Balamar i el senyor Krank. En aquesta ocasió en Bob Esponja i la colla s'embarquen en una aventura en què hauran de trobar una recepta robada, cosa que portarà els personatges de Baixos de Bikini fins a la nostra dimensió. La pel·lícula barreja animació i escenes d'acció real.