テレビアニメ全25話（一部パートに新規カットあり）と、テレビ未放送話『True End Episode「No One is Alone」』を、約90分の物語に再編集した特別版。国内10か所の映画館で上映イベントとして公開された（この上映はあくまでもイベント扱いであり、劇場版では無い）。

ごく平凡な人生を送っていた男オ・デスは、意識を取り戻すと、狭い監禁部屋にいた。その後15年間、理由も分からないまま監禁され続け突然解放される。いったい誰が！？何の目的で！？若い女性ミドの助けを借りて復讐を誓うデスのもとに現れた謎の男ウジン。彼はデスに5日間で監禁の理由を解き明かせと、お互いの命を賭けた「ゲーム」をもちかける。そこには想像を絶する、恐るべき策略がめぐらされていた…。

冷凍睡眠のまま宇宙を漂流していたリプリーは奇跡的に宇宙船に救出される。地球に戻った彼女は貨物船で起こったエイリアンによる恐ろしい出来事を語る。リプリーが漂流していた間にエイリアンを発見した小惑星は地球の殖民惑星となっていた事を知りエイリアン殲滅を訴える。しかしエイリアンを兵器として利用したい企業に拒まれてしまう。その時小惑星より連絡が途絶えたことからアメリカ海兵隊が住民救出に向かうが同乗したリプリーの話をまともに聞かなかった兵士達だが、凶悪生命体エイリアンを目の当たりにし一気に追い詰められてゆく。

ロイミュード051が起こした強盗事件の現場に居合わせた田宮日奈子は、051とチェイスの交戦中に051の卑劣な凶弾により怪我を負う。さらに謎の女性の出現により051を取り逃がしてしまい、間近にいた人間を守れなかったことに、チェイスは責任を感じていた。 日奈子には弟の田宮洋がおり、二人には既に両親がいないことを知る。姉以外に心を開こうとしない弟を叱責しつつ心配する姉の姿に霧子を重ねたチェイスは、せめて日奈子が元気になるまで洋を守ることで責任を果たそうと自ら洋の世話を申し出る。しかし姉以外に心を開かず、尚且つチェイスがロイミュードであることを知る由もない洋からは、「人形のようだ」と感情の欠落を不気味がられ、チェイスは人間らしい感情の獲得を渇望していく。

クリスマス近いゴッサムシティ。市民は謎の怪人ペンギンの出現に戦慄していた。一方、市の電力を独占しようとたくらむ実業家マックスは、秘密を知った秘書セリーナを殺害しようと窓から突き落す。命を取りとめた彼女は女性の犯罪者、キャットウーマンとなって社会とマックスに復讐を誓う。やがて手を組んだキャットウーマンとペンギンは、マスコミ操作でネガティブキャンペーンを張り、邪魔者バットマンを追放しようたくらむ。

かつて仮面ライダーたちと戦ったショッカーが、魔法の力を得た宇宙規模の組織「スペースショッカー」として復活した。スペースショッカーは全宇宙を征服するため、まずは地球に狙いを定める。 一方、地球では操真晴人 / 仮面ライダーウィザードが白銀のコンバットスーツ戦士・十文字撃 / 宇宙刑事ギャバンtype-Gから攻撃を受けていた。戦闘の中でギャバンはウィザードに対する誤解を一応解くが、銀河連邦警察の命令に背いたため、銀河連邦警察隊長の一条寺烈 / 初代宇宙刑事ギャバンから宇宙刑事の資格を剥奪されてしまう。一方、晴人はスペースショッカーと戦うが、スペースショッカーの作った魔法陣に吸い込まれ、スタジアムに吹っ飛ばされてしまう。晴人は突如現れた獣電戦隊キョウリュウジャーのメンバーと出会うが、桐生ダイゴ / キョウリュウレッドは、晴人を敵か味方か確認するため、晴人に勝負を挑む。剣と剣でぶつかり合う晴人とダイゴだったが、乱入した伊狩鎧 / ゴーカイシルバーと出会う。鎧と共に晴人は撃から衝撃の事実を教えられる。どうやら宇宙各地では魔法の力が同時多発的に暴走しており、地球はもちろん宇宙全体も破滅の危機にあると言うのだ。終末のカウントダウンが刻一刻と迫りつつある中、晴人と撃達は事件の解決にあたることとなった。

南極に存在したピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生するという衝撃のラストシーンで前作は終わった……。しかし、それはこれから地球で起こる惨劇の序章でしかなかった！ プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求めて飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして遂に始まった、人類の眼前で次々と繰り広げられる壮絶かつ凄惨な戦い……。史上最も恐ろしい２大モンスターの激突の行方は？　そして人類を巻き込んだ戦いの果てに待ちうける、驚愕の結末とは？　人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。果たして地球に明日はあるのか？