ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。

２１世紀末、地球人は宇宙への進出を果たす。やがて激しい星間戦争が勃発し、地球人はドラコ星人と一進一退の攻防戦を繰り広げていた。ある日、ドラコ星人の戦闘機を深追いした地球人パイロットのダビッジは、相手を撃墜しながらも未知の惑星に不時着してしまう。その不時着した惑星の環境は想像を絶する厳しさだった。やがて彼は、同じく不時着したドラコ星人のジェリーと遭遇。敵同士として対立する２人だったが、生き延びるためには協力していくしかない。こうして力を合わせてサバイバル生活を共にするうち、２人の間には友情が芽生えていく。

魔法の薬でトビウオとヒトデとクラゲにされてしまった、トビー&ステラ兄妹といとこのジェリー。彼らは人間に戻るため、3人で力を合わせて悪のサカナ帝国に立ち向かう。

カリフォルニアのトレーラー・キャンプに住むアレックス青年は、キャンプの雑用係として働いている。ガール・フレンドのマギーとのデートがキャンセルになった日、唯一の楽しみであるビデオゲーム「スター・ファイター」に挑戦し最高点をあげた夜、宇宙人のセントーリが現わる。セントーリは、ズアーという男が宇宙の権力を握ろうとしていることと、宇宙戦闘機隊に宇宙戦士として参加して欲しいとアレックスに伝える。

フロリダ沖の海底から引き揚げられた奇妙な繭には老人を若返らせる不思議な力があった……。遥か昔に地球に残された仲間を救出するためやって来た異星人と、養老院で余生を送る老人たちの交流を描いたSFファンタジー。

1971年、男は悪の秘密結社ショッカーの手で改造人間にされた。その日以来、人間の自由を守るため、男は戦い続けている。彼の名は、本郷猛。この世に誕生した、最初の仮面ライダーである。長年、海外で悪と戦ってきた猛は、ひとりの少女の危機を知り、急遽帰国する。ショッカーが狙ったのは、女子高生・立花麻由。彼女の存在が、かつての最高幹部・地獄大使を復活させるために不可欠なのだ。猛は、ショッカーが麻由を狙う理由を探っていた仮面ライダーゴースト＝天空寺タケルや、その仲間たちと出会う。3年ぶりに猛との再会を果たした麻由は、猛への複雑な思いを抱えつつも、少しずつ心を開いていく。しかし、過酷な日々を過ごしてきた猛の肉体は、すでに限界へと近づいていた。なおも麻由を狙い襲い来る、ショッカー怪人たち。その一方で、ショッカーを裏切ったウルガ、イーグラ、バッファルの3人は、新たな組織・ノバショッカーを結成し、恐るべき作戦を始動させていた。麻由の危機、そして日本の最大の危機に、伝説の戦士・本郷猛が「変身」する。命を、愛を、未来へつなぐために。

どこにでもいそうな11才の少年ジミー・ニュートロン。だがそんな彼はなんとIQ302の天才発明家でもあった。今、地球人の大人がタマゴ星の神ニワトラーの生け贄にされようとしている。この危機から地球を救うため、ジミーはロケットで出発。タマゴ星のガーボッド王に挑む。