Het jaar is 2030 en zes jaar zijn verstreken sinds een crimineel die alleen bekend staat als 'The Laughing Man' de top van de medische nanotechnologiebedrijven binnendrong en daden van cyberterrorisme, ontvoering en spionage pleegde, waardoor er geen bekende verdachten achterbleven. Nieuwe informatie wordt onthuld nu Section 9 op jacht gaat naar een verdachte die in staat is tot ondoorgrondelijke acties in deze compilatie van Stand Alone Complex-content.
Het is 2034, twee jaar nadat Motoko Kusanagi Section 9 heeft verlaten. Togusa is de nieuwe leider van een nu aanzienlijk groter team. Sectie 9 wordt geconfronteerd met een serie van ingewikkelde incidenten waar een hacker genaamd "Puppet Master" voor verantwoordelijk blijkt te zijn.
Terry McGinnis, de nieuwe Batman, komt oog in oog te staan met The Joker, de vijand van de oude Batman. Het probleem is dat de Joker eigenlijk al dood is, dus wie is deze Joker echt? Terry moet het op nemen tegen één van de gevaarlijkste vijanden van de oude Batman en ontdekt de geheimen van de laatste nacht dat Batman en de Joker tegen elkaar hebben gevochten.
Vijf jaar na de OAV series, leven Third serie robot Naomi Armitage en haar man Ross Sylibus nu vreedzaam op Mars met hun dochter, tot een een groepering het geheim wil achterhalen van de Third mogelijkheden om kinderen te baren.
Een zakenman wordt bedreigd door een groep skinheads en hij vreest voor zijn gezin. Ze slagen erin om zijn zoontje te ontvoeren en als hij de achtervolging inzet, blijkt hij het jongetje niet te kunnen redden uit hun handen. Zijn kwaadheid veroorzaakt een transformatie van zijn lichaam. Uit zijn borstkas groeit een machinegeweer, dat pas weer verdwijnt als hij rust kan vinden. De skinheads zijn gefascineerd door dit gegeven en nemen hem mee naar een laboratorium voor verdere experimenten.
In de nabije toekomst is de politiemacht van Tokio geprivatiseerd. De nieuwe wetshandhaving heeft zijn handen vol aan een nieuw soort mutant dat de straten onveilig maakt en mensen van het leven berooft. Luca, die binnen de politie werkt, gaat met haar speciale manier van wetshandhaving de mutanten te lijf. Maar haar verleden maakt haar kwetsbaar.
In het jaar 2027 is mogelijk om je lichaam te upgraden met cybernetische implantaten. Agent Alex Rain heeft al heel wat up-grades ondergaan als hij tijdens een schietpartij met leden van de terroristische organisatie de Red Army Hammerhead zwaar beschadigd/gewond raakt. Wanneer Alex weer is opgelapt, neemt hij ontslag en gaat hij naar Rio om carrière te maken als smokkelaar. Alex wordt echter door zijn ex-baas, Farnsworth, ontvoerd en gedwongen nog 1 laatste klus te klaren. De Hammerheads hebben de plannen van een topontmoeting tussen Japanners en Amerikanen gestolen en Alex moet de terroristen opsporen en uitschakelen.
Hiroshi is een briljante geneticaspecialist. De man is in zijn eentje miljarden dollars waard, en zijn kennis wordt fel begeerd door alle topbedrijven. Dat is dan ook de reden waarom drie kopstukken uit de wereld van bedrijfsspionage jacht maken op de Japanner. Hij blijkt moeilijk te benaderen, maar ze weten dat hij valt voor brunettes. Als medewerker van Maas Corporation wordt hij wereldwijd beschermd door agenten die grof geld niet uit de weg gaan.
OCP is nog steeds bezig met het maken van hun project Delta City, om de stad van Detroit te vervangen. De bewoners wilen het gebied echter niet verlaten. OCP besluit ze te dwingen om weg te gaan door een huurmoordenaar, Robocop, in te huren. Een ondergrondse revolutie begint en in dit gevecht moet Robocop beslissen waar zijn loyaliteit ligt.
In het jaar 2074 maakt het Pinwheel bedrijf een cyborg genaamd Cassandra Reese, die bijna een normaal mens is. Ze is ontworpen om door middel van verleiding in hoofdkwartiers te komen, om vervolgens te ontploffen. Het gaat echter helemaal verkeerd wanneer ze gevoelens krijgt voor Colson Ricks, een mens. Hij valt ook voor haar en met de hulp van Mercy ontsnappen ze uit het bedrijf. PinWheel stuurt Danny Bench achter ze aan om ze te vermoorden.
Een paar spookachtige huurlingen worden ingehuurd om de vernietiging van de futuristische stad inaba te stoppen.