Het jaar 2116 - de Japanse overheid begint de Sibyl System onbemande drone robots te exporteren naar onrustige landen, en het systeem verspreidt zich over de hele wereld. Een land in het midden van een burgeroorlog, SEAUn (de Zuid-Oost-Azië-Unie), voert het Sibyl Systeem in als een experiment. Onder het nieuwe systeem, realiseert de kustplaats Shambala Float een tijdelijke vrede en veiligheid. Maar dan stuurt SEAUn terroristen naar Japan. Ze glijpen door het Sibyl Systeem en vervolgens voeren ze aanvallen uit van binnenuit. De schaduw van een bepaalde man valt over dit incident. Tsunemori die de leiding heeft over de politie, reist naar Shambala Float om onderzoek uit te voeren.
Niander Wallace toont de voordelen van een nieuw type Nexus aan de LAPD.
Neo zit weer gevangen in de wereld van de Matrix, maar is zich hiervan niet bewust. Hij neemt de blauwe pil in en gaat naar een therapeut. Hierin komt verandering wanneer een man Neo's leven binnenstapt om hem duidelijk te maken dat zijn realiteit nep is. Zijn leven blijkt niet meer dan een droombeeld.
Officier Deunan Knute en zijn cyborg-partner Briaros Hecatonchires krijgen de opdracht om de Olympus City Computer te beschermen tegen een terroristische aanval. Bij een eventuele aanslag op de computer zou namelijk de hele stad platgelegd kunnen worden en zou er massale chaos kunnen ontstaan.
Major Kusanagi werd van de dood gered en als cyborg weer tot leven gewekt. Ze leidt een team dat op cybercriminelen jaagt, maar één hacker heeft veel grotere plannen.
Het is het jaar 2013 en de wereld wordt geleid door machtige ondernemingen in plaats van regeringen. Johnny Dalton is de leider van een onderzoek naar klonen van de firma Azimuth Corporation.