1993年、国際世論におされた米軍は民族紛争の続くソマリアへ派兵。内戦を終結させようと最大勢力ババルギディル族を率いて和平に反対するアイディード将軍の副官２名を捕らえるため、約100名の特殊部隊を首都モガディシュへ強襲させた。当初、作戦は１時間足らずで終了するはずだったが、作戦の開始直後にアイディード将軍派の民兵により２機のヘリコプターがロケットランチャーで撃墜されてしまう。 敵地の中心へ仲間たちの救出に向かう兵士らは泥沼の市街戦に突入していく。

シリーズの人気キャラクターでもある漆黒の忍者スネークアイズを主人公に、マスクで顔を隠し謎に包まれたスネークアイズがいかに誕生したかを描く。日本の闇の組織からある男の命を救ったスネークアイズは、秘密忍者組織「嵐影」への入門を許可される。600年にわたり日本の平和を守ってきた嵐影だったが、悪の抜け忍組織と国際テロ集団「コブラ」の連合軍による攻撃にさらされ、危機に瀕していた。スネークアイズは嵐影の3つの試練を乗り越え真の忍者となり、世界を守るため戦う。

戦死した後、記憶や人間性を剥奪され戦闘マシーンとして蘇生した“ユニバーサル・ソルジャー”。その秘密を暴くべく潜入したTVレポーターと、記憶を取り戻した兵士の逃走劇。SFアクション。

ベトナム戦争集結から10年。ローズ大佐は、ベトナムで捕虜になった息子が必ず生きていると信じて、行方を探し続ける。ある日、一枚の航空写真から、息子がラオスの捕虜収容所に居ると推測。大佐はかつての息子の戦友達を集め、捕虜救出作戦を企てる。強い信頼と友情で結ばれた7人の男達が再びベトナムへと向かう。

人類の生存を賭けた格闘技大会、モータル・コンバットが開催される。人間の格闘戦士と暗黒魔界の戦士たちとの死闘が東洋の孤島で繰り広げられるのだ。ゲームソフトを原作に描くSFX。