関ヶ原の戦いから14年。戦国の世は天下統一を目前にした徳川と復権を狙う豊臣方の対立が深まっていた。真田幸村は名将として世間から尊敬を集めていたが、実は男前な風貌と恵まれた幸運の連続で勝ちを収めてきただけの気弱な腰抜けだった。実際の自分と虚像との差に悩む中、彼は猿飛佐助と出会う。忍者の里から飛び出し、大きなことを仕掛けようとしていた佐助は、幸村を本物の英雄にすべく、仲間を集めて十勇士を結成する。

ネバダ州にあるグレーム・レイク空軍基地、通称「エリア51」に銭形警部と警官隊、さらに新米女性捜査官エミリー・オブライエンが警備に来ていた。ルパンからの予告状が来たのだ。ルパンの獲物は、ロズウェル事件で墜落したUFOのカケラである「オリジナルメタル」だった。ルパン・次元・五ェ門の3人は銭形らの警備をかいくぐり、まんまとオリジナルメタルを盗み、アメリカ軍が建造したUFOに乗って脱出に成功するが、試作型であった為に墜落してUFOは短時間で壊れた。

織田信長が天下統一に向かって突き進む中、信長の次男・信雄は伊勢国を掌握し、その隣国・伊賀国も支配しようとしていた。だが伊賀国に住んでいたのは外部の常識が通用せず、独自のルールに従って生きている“忍び”の面々で、お国という美しい妻がいながら非情かつマイペースで生きる忍者・無門もそんなひとり。そんなある日、信長の軍が伊賀国に本気で攻め込んできて、無門ら“忍び”の面々は全力をもって敵軍を迎え討つ。

伊賀の忍者・百地三太夫の一族が、将監に滅ぼされて10余年後、中国で修行を積んだ三太夫の遺児・鷹丸は残党と再会。豊臣への復讐と一族の復興を誓う！百地三太夫の残党と、秀吉の一味、徳川の忍者・服部半蔵などが絡み合い、壮絶な死闘が繰り広げられる痛快時代劇アクション。真田広之のデビュー作。