Yuichi is een 13-jarige scholier die het niet makkelijk heeft. Hij wordt vaak gepest en op school staat hij onder grote druk om te presteren. Het enige wat hem op de been houdt is zijn liefde voor zijn favoriete zangeres Lily Chou-Chou, over wie hij een website runt.
Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
Aliens proberen de wereld te veroveren en zetten daarbij de gevaarlijke monsters Godzilla en King Ghidrah in. De aliens besturen de monsters vanuit hun hoofdkwartier, een replica van Godzilla dat ergens in een pretpark staat.
De ontdekking van het lijk van een jong meisje, gestorven door een illegale abortus, brengt Hanzo op het spoor van een perverse en demonische samenzwering. De top van het Shogunaat lijkt er bij betrokken te zijn, wat drastische gevolgen voor de natie kan hebben.
Cho Osaki, een beoefenaar van de ninjitsu-krijgskunst, verlaat zijn geboorteland Japan om komaf te maken met zijn gewelddadige leven. Maar na zijn vertrek met zijn zoon naar Amerika ondervindt hij al snel dat hij zijn verleden en zijn lot niet kan ontlopen. Luitenant Jack van de politieafdeling van Los Angeles onderzoekt verscheidene drugsmoorden. Jack zoekt daarom raad bij de karate-instructeur van het politiedepartement. Die stuurt hem echter naar zijn goede vriend Cho Osaki. Met de nodige gevolgen...
Wanneer er een geest opduikt bij de wateren rond de schatkamer van het Shogunaat, gaat Hanzo op onderzoek uit en ontdekt dat het een dekmantel is voor het smokkelen van goud. Wederom hangt er een waas van corruptie en samenzweringen om heen.