ある土曜日、のどかがちゆ、ひなたと宿題を終わらせた後に花見に出かけようとすると、「明日」をつかさどる精霊ミラクルンが「昨日」をつかさどる精霊リフレインに追われているのを見かける。のどかたちはプリキュアとなってミラクルンを助けようと戦い、HUGっと!プリキュア・スター☆トゥインクルプリキュアの協力もあって何とか危機を脱する。 しかし、「永遠に明日がこない世界」にしようともくろむリフレインの力によって時間が巻き戻ってしまい、のどかたちは永遠に「明日」が来ない、「今日」を繰り返す世界に閉じ込められてしまう。のどかたちは協力し合ってミラクルンを守り、「明日」に進むため奮闘することになる。

人間によるアマゾン殱滅作戦は佳境を迎えていた。この世に生存が確認されているアマゾンは残り2体、「水澤悠／仮面ライダーアマゾンオメガ」と「鷹山仁／仮面ライダーアマゾンアルファ」。この2体を狩れば、すべてが終わる、はずだった。 「アマゾン畜産計画」と謎の養護施設、水澤悠を追うアマゾン駆除組織4C、共生と競生、肉食と草食――。 激しい運命に翻弄された悠と仁に決着の時が迫る…。

皆で雪山へスキーにやってきたなぎさ達。しかしスノーボードをやったことのないなぎさは悪戦苦闘、一方でほのかは優雅にスキーを楽しみ藤村と良い雰囲気になっていて、なぎさは嫉妬してしまい、あげくほのかのささいな一言が原因で二人の仲がギクシャクしてしまう。 そんな中、雲の園の老師が落としてしまった伝説の鳥「鳳凰」の卵を拾い、お礼に雲の園へ招待される。孵った雛に「ひなた」とひかりは名付けて可愛がるが、ひなたを亡き者にして世界を氷の閉ざそうと闇の戦士であるフリーズンとフローズンが現れた。彼等はプリキュアを圧倒し、さらにひなたをさらってしまった。全てを救うため、プリキュアとルミナスは戦いを挑むが、その最中にフリーズン達の策でプリキュア二人の心は凍りつき、同士討ちさせられてしまう。 しかし、無理に戦わされたことで気持ちに素直になった二人はお互いに謝って友情を確かめなおし、再びひなたを救うためにフリーズン達の元へと向かう。そしてひなたから力を受けた二人はスーパープリキュアへと変身、ついにフリーズンとフローズンを撃破した。 戦い終わると、ひなたは全ての力を使い果たして力尽きていた。皆が悲しみに沈む中、ルミナスもまたスーパープリキュアに変身し、ひなたに再び力を与えた。するとひなたは鳳凰と化し、雲の園を覆っていた氷を溶かし、元の姿へと戻した。全てが終わった後、ひなたは故郷へと帰っていった。

横浜みなとみらいに出現したフュージョンを倒したプリキュアの話で、街はその話題で持ちきりとなっていた。しかし転校してきたばかりの坂上あゆみはいつもクラスから孤立していた。ある日あゆみは学校からの帰りに謎の生き物と出会う。彼女はこの生き物に「フーちゃん」と名付けて仲良しとなるが、この生き物はフュージョンのかけらだった。フーちゃんはあゆみを思うあまり、次第にあゆみの嫌いなものを飲み込んでいき、大きくなろうとし、ついには全てを消してリセットしようとしてしまう。あらゆるものが消失し混乱した街と、フーちゃんの暴走を悲しむあゆみを救うため、プリキュア達が立ち上がることとなる。

わたし、夏海まなつ！ある日、雪の王国・シャンティアから素敵な招待状が届いたんだ！新しく女王になるシャロンのお祝いの式が開かれるんだって！ みんなでキラキラに輝く雪の世界へ出発♪うわぁ〜、トロピカってる〜！ 人魚の国の女王を目指しているローラは、シャロンと仲良くなってきれいな指輪をプレゼントされたの。そして、ある“約束”をしたんだけど...突然、謎の怪物が現れてみんなを王国に閉じ込めちゃった...！！ 大ピンチ！と思ったら「ハートキャッチプリキュア！」のみんなが駆けつけてくれて、わたしたちのやる気もパワーアップ！ さらに、みんなの想いが重なったとき指輪が＜スノーハートクルリング＞に変身して...！？ さぁ行くよ！凍った世界をトロピカらせちゃおー！

「ほのぼのカラオケ大会」に出場する約束をした咲と舞だったが、寝坊した咲が大遅刻し、舞が待ち合わせ場所をいったん離れたことで、二人の気持ちがギクシャクしてしまう。 何とかのど自慢大会への出場受付を認められたものの、咲のマイペースさや、舞の生真面目さから亀裂は深まるばかり。気まずい雰囲気の中、お互い謝る様子もなく時は過ぎる。そんな不安定な状態でステージに上がった2人は大勢の観客の前で緊張してしまい、ついには「時間よ止まれ!」と心の中で願う。すると、本当に町中の時間が止まってしまった。 咲と舞は、時計の郷から突然飛ばされてきたアワーズとミニッツという精霊の後をついて行き、その原因となっているという「時計の郷」へと引きこまれてしまった。 時計の郷ではダークフォールの住人であるサーロインという男が、時間を止めて世界を征服しようと企んでいた。プリキュアに変身して戦う二人であったが、心の噛み合わない2人はサーロインに手も足も出せず、永遠の迷宮に閉じ込められ、ムープとフープとも離れ離れになってしまう。 出口の見えない迷宮と、ムープとフープの身を案じるが故の焦燥感から、すれ違いはピークに達する。そして、最初に目指す目標の相違から2人はついに別行動をとろうとするが、その最中突如出現したウザイナーにより、2人は本当に離れ離れになってしまった。 お互いの安否すらわからなくなり、それぞれ意地の張り合いを後悔する2人だったが、その心の迷いからついに変身すらも解けてしまう。 「もう絆を取り戻すことは無理」と絶望する2人だったが、妖精達は2人を励まして説得し、もう一度互いを信じる気持ちを取り戻させる。ウザイナーの追撃もかわして時計の郷に戻る咲達だったが、再びサーロインによって封じ込められてしまう。しかし2人は自分の悪かったところを反省し、お互いに「ずっと共に過ごしたい」という気持ちを明かし、もう一度プリキュアに変身した。 絆を取り戻した2人の猛攻にサーロインは逆に追い込まれ、ついに巨大な猛牛の姿となる。しかし時計の郷の精霊の力と、絆を取り戻したプリキュアの前に敵わず、その力の前にサーロインは完全消滅した。全てが終わり、咲と舞はのど自慢大会の会場に戻り、もう一度挑戦し直すのであった。

ラブたちがパジャマパーティをしようと、桃園家に4人が集まった夜、街から次々に玩具が消えた。ラブたちはラビリンスの企みを疑うも、クローバーボックスは反応を示さない。 その時何処からかラブを呼ぶ声がして、シフォンが超能力でその声の主を呼び出すと、それは昔よく遊んだ兎のぬいぐるみのウサピョンだった。プリキュア達はウサピョンの頼みでおもちゃの国へ向かうと、トイマジンに恐怖するおもちゃの国の住民達の姿があった。トイマジンの野望を阻止しようと挑むプリキュアだったが、その前に現れたルーレット伯爵の策により、プリキュア達はすごろく空間の罠に誘い込まれてしまう。 すごろく空間の試練に勝ってそこを抜け出ると、ついにトイマジンが直々にプリキュア達の前に現れた。おもちゃの国やトイマジンの真実とその憎悪を知らされ、さらにウサピョンも同じ憎しみを抱いていると思いこんだラブは、苦悩する。トイマジンはさらにおもちゃの国の住民達に呼びかけ、憎しみを抱いているおもちゃ達を自分の身体に吸収してパワーアップを果たした。 激化する戦いの最中、ウサピョンから本当のことを知らされたラブは、トイマジン達捨てられたおもちゃの心を救うため、キュアエンジェルに変身する。その力はおもちゃの国の住民達の心を癒し、トイマジンを元の姿であるテディベアに戻した。子供達の思いを受け止めたテディベアは、もう一度子供を信じる気持ちを取り戻した。戦いが終わった翌日、ラブはフリーマーケットで心の優しい少女と出会い、彼女にテディベアを託すのであった。

ある日、謎の影がプリキュア達を襲ってきた。なんとか退けるが、しかし彼の正体は「希望の園」からやってきた7人の精霊であった。 彼等の本当の目的は、闇の世界の魔女から「希望の園」の力の源であるダイヤモンドラインを守るため、力を持つ者を探し出すことだった。 プリキュアとルミナスは希望の園の7人の戦士たちとともに希望の園へと旅立つ。希望の園でプリキュア達は舞踏会パーティに招かれ、メップル達もがその優雅な一時を楽しむことに。 そこへ、ドツクゾーンの一人である闇の世界の魔女が現れ、ダイヤモンドラインを奪ってしまう。希望の園の危機から救うため、プリキュア達は闇の世界の魔女に立ち向かう。